Ni le diagnostic des cas de SRAS-CoV-2 ni la détection de la contamination de l’environnement par le virus ne sont encore simples. Les techniques compliquées d’amplification moléculaire, qui nécessitent une infrastructure et des procédures de biosécurité importantes, empêchent les gens de savoir si le virus est réellement présent dans leur environnement.
Le projet “Do-It-Together SARS CoV-2 Detective” (plus d’informations ici) développera une stratégie similaire à celle utilisée pour la méthode “GMO Detective“, afin de détecter le virus responsable de la Covid-19. Le #CoronaDetective devrait être très spécifique, non seulement sans équipement compliqué, mais aussi avec une simple lecture +/-. En outre, des contrôles visant à garantir une détection sensible, sans faux positifs ni négatifs, sont intrinsèques à cette solution. Le produit final, des bandes de tubes avec des réactifs secs, pourrait être facilement fourni n’importe où, sans dépendance de la chaîne du froid ; et les tests de surveillance pourraient être effectués par des personnes ordinaires, sans aucune formation en médecine ou en biologie, juste une certaine capacité à suivre des instructions simples et du bon sens. À l’avenir, le projet essaiera la détection fluorescente “multiplexée”, en utilisant un détecteur peu coûteux (même bricolé), mais avec un projet partenaire (Slack #proj-neb-lamp-test), il serait également heureux de découvrir si une réaction de changement de couleur plus simple sera suffisante pour obtenir des résultats valables.
Les échantillons humains ou cliniques ne devraient être analysés que dans des environnements ayant accès à des installations de biosécurité appropriées, bien entendu. Ce projet est en totale conformité avec les lignes directrices de l’initiative OpenCovid-19 en matière de biosécurité et de sûreté biologique, et a la chance de disposer de laboratoires appropriés pour tous les niveaux de validation. Grâce à des informations librement accessibles, des régions ciblées du virus ont déjà été analysées, et l’une d’entre elles s’est même révélée identifiable par les membres de l’équipe à l’aide de ces techniques moléculaires. Notre objectif est maintenant d’optimiser les composants et de mettre au point une méthode validée utilisable par tous.
Ce projet fait partie de l’initiative JOGL OpenCovid19, qui vise à développer collectivement des outils et des méthodologies libres et peu coûteux, sûrs et faciles à utiliser pour lutter contre la pandémie de COVID-19, et est développé dans le cadre du Covid19 Diagnostic and Detection Challenge. Il a récemment été financé par la première vague de bénéficiaires du système de micro-subventions JOGL à évaluation ouverte par les pairs. Tout le monde peut jouer un rôle !
Ensemble, la recherche participative ouverte peut contribuer à résoudre les problèmes d’aujourd’hui ! Votre aide est la bienvenue !
Comment contribuer
Vous pouvez nous rejoindre via ce canal Slack : #proj-nucleic-acid-amplification de l’initiative JOGL Open Covid-19. Tout ceci est discuté dans : #proj-nucleic-acid-amplification, et plus largement dans #chlg-detection-diagnostic. Un travail connexe est également effectué sur les différentes méthodes d’extraction de l’ARN dans : #proj-nucleic-acid-amplification : #proj-rna-extraction.
D’autres travaux sont en cours pour produire et tester des versions open source des enzymes nécessaires dans #proj-enzyme-production #freegenes, qui sont liées à : https://openbioeconomy.org/projects/open-enzyme-collections/ et https://biobricks.org/freegenes/
Ali Bektas, un collaborateur du Centre de génomique d’Oakland en Californie, essaie activement de rassembler tout cela dans une petite cartouche, voir https://app.jogl.io/project/187. D’autres personnes travaillent également sur des méthodes similaires https://app.jogl.io/project/163. Ces deux projets ont également été financés par la première vague de bénéficiaires du système de micro-subventions JOGL à évaluation ouverte par les pairs
