Une nouvelle étude réalisée par Bastian Greshake Tzovaras, chercheur associé au CRI, et ses collaborateurs à Mayence, Francfort et Leyde a été publiée dans la revue Genome Biology & Evolution! Cet article jette les bases de nouvelles études génomiques sur les lichens.
Les lichens sont des organismes symbiotiques composés d’une ou de plusieurs espèces de champignons qui vivent en étroite symbiose avec des algues vertes ou des bactéries photosynthétiques. Cette symbiose est si réussie qu’elle est non seulement ancienne dans l’évolution – les premières symbioses de lichens sont apparues il y a au moins 300 millions d’années – mais qu’elle s’est également produite de manière indépendante à de nombreuses époques différentes. Les lichens deviennent ainsi des modèles intéressants pour étudier comment les génomes des symbiotes individuels évoluent en réponse à l’adhésion à une symbiose.
Ce potentiel n’a pas encore pu être pleinement exploité, car le séquençage des génomes des lichens est rendu complexe par divers facteurs : La croissance des lichens est notoirement lente, ce qui rend difficile l’obtention d’une quantité suffisante de biomatériaux. En outre, dans de nombreux cas, il a été impossible jusqu’à présent de cultiver les symbiotes individuels en dehors de leur symbiose. En raison de ces facteurs, les lichens sont souvent séquencés dans leur ensemble, ce qui conduit à des ensembles de données de séquençage très divers et complexes, qui rendent généralement impossible la création de reconstructions de haute qualité. Dans cette nouvelle étude, les auteurs démontrent un flux de travail qui permet des reconstructions de haute qualité de génomes de lichens entiers, ce qui rend les lichens jusqu’à présent peu étudiés disponibles pour d’autres travaux sur l’évolution du génome. À l’avenir, ces travaux permettront, nous l’espérons, de libérer tout le potentiel des lichens en tant qu’organismes modèles.
Les graphiques présentés ici montrent les génomes individuels des symbiotes du lichen Umbilicaria pustulata et les proportions variables dans lesquelles ils contribuent à la symbiose du lichen.
Le texte intégral de l’étude est disponible ici.
